De acordo com a região ou necessidade, existem formas distintas para tratar os esgotos

Reator Anaeróbio de Fluxo Ascendente (RAFA)
É um reator fechado. O tratamento biológico ocorre por processo anaeróbio e a decomposição da matéria orgânica é feita por microorganismos presentes num manto de lodo.
O esgoto sai da parte inferior do reator e passa pela camada de lodo que atua como se fosse um meio filtrante. A eficiência atinge de 65% a 75% e, por isso, necessita de um tratamento complementar que pode ser feito através da lagoa facultativa. É um mecanismo compacto e de fácil operação.
Lagoa Facultativa
É formada por lagoas que têm de 1,5 a 3 metros de profundidade. O termo "facultativo" refere-se a mistura de condições aeróbias e anaeróbias. Em lagoas facultativas, as condições aeróbias são mantidas nas camadas superiores próximas à superfície das águas, enquanto as condições anaeróbias predominam no sentido e em camadas próximas ao fundo da lagoa.
Embora parte do oxigênio necessário para manter as camadas superiores aeróbias seja fornecido pela reaeração atmosférica através da superfície, a maior parte é suprida pela atividade fotossintética das algas, as quais crescem naturalmente nas águas onde estão disponíveis grandes quantidades de nutrientes e a energia da luz solar incidente.
As bactérias existentes nas lagoas utilizam o oxigênio produzido pelas algas para oxidar a matéria orgânica. Um dos produtos finais do metabolismo bacteriano é o gás carbônico, que é imediatamente utilizado pelas algas na sua fotossíntese.
Neste tipo de tratamento, grande parte do volume de lodo é reduzido e o sistema é favorável para comunidades pequenas, normalmente situadas no Interior do Estado.
Lagoa Anaeróbia
Por anaeróbia, entende-se o processo de tratamento desprovido de oxigênio. Neste caso, as lagoas são profundas, entre 3 e 5 metros, para reduzir a penetração de luz nas camadas inferiores. Além disso, é lançada uma grande carga de matéria orgânica por unidade de volume da lagoa para que o oxigênio consumido seja várias vezes maior que o produzido, tornando a produção de oxigênio pela fotossíntese e pela reaeração atmosférica desprezíveis e, conseqüentemente, garantindo a condição anaeróbia.
O tratamento ocorre em duas etapas:
Na primeira há conversão da matéria orgânica complexa através da quebra de moléculas em estruturas mais simples. Já na segunda fase, a matéria orgânica é convertida em metano, gás carbônico e água. Neste caso, o carbono é removido do meio líquido porque o metano passa para a atmosfera.
Lagoa Aerada:
Neste tipo de tratamento o processo necessita de oxigênio e a profundidade das lagoas varia de 2,5 a 4,0 metros. Os aeradores servem para garantir oxigênio no meio e manter os sólidos em suspensão e dispersos no meio líquido. A qualidade do esgoto proveniente da lagoa aerada não é adequada para lançamento direto, pelo fato de conter elevados teores de sólidos. Por esta razão, estas lagoas são normalmente seguidas por outras, onde a sedimentação e estabilização (transformação da matéria orgânica em gás carbônico e metano) destes sólidos possa ocorrer.
Esta técnica assimila-se aos tanques de aeração dos sistemas de lodo ativados. A diferença é que não há recirculação de sólidos, característica essencial do sistema de lodos ativados.
Baias e Valas de Infiltração
Trata-se de um tratamento complementar que consiste na passagem do esgoto num meio filtrante instalado no solo e formado por pedregulho e areia. Por ser um processo posterior, ele é combinado com outros tipos de tratamento.
Flotação
É um processo físico-químico que conta com a presença de um coagulante para a formação de flocos de sujeira. Com isso eles ficam mais concentrados e são removidos de forma mais simples. Para auxiliar o tratamento, a água é pressurizada com o intuito de formar bolhas que atraem as partículas. Desta forma se favorece a suspensão dos flocos. O lodo formado é retirado por uma ponte raspadora e enviado a uma estação de tratamento de esgotos.
Lagoa de Maturação
São lagoas de baixa profundidade, entre 0,5 a 2,5 metros, que possibilitam a complementação de qualquer outro sistema de tratamento de esgotos. Ela faz a remoção de bactérias e vírus de forma mais eficiente devido à incidência da luz solar, já que a radiação ultravioleta atua como um processo de desinfecção.
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